Il seguente programma e' solo indicativo delle specifiche tematiche che verranno affrontate nel corso. Un programma definitivo verrà fornito al termine del corso.

MODALITÀ D'ESAME:

CONTENUTI

1. Introduzione alla biologia computazionale: motivazioni e metodologie.
2. Nozioni introduttive di teoria degli algoritmi: problemi NP-completi, problemi di ottimizzazione, algoritmi di approssimazione.
3. La ricerca di un pattern in un testo: il problema generale del matching esatto.
4. Gli alberi suffisso e la loro applicazione nella ricerca di ripetizioni nelle sequenze biologiche. Palindromi, ripetizioni e tandem repeats: algoritmi.
5. L'importanza del confronto di sequenze biologiche. La distanza di edit tra due sequenze. Allineamento di due sequenze (globale e locale), allineamento multiplo di sequenze. La programmazione dinamica per la costruzione dell'allineamento. Allineamento con alberi.
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6. Alberi evoluzionari. Ricostruzione della storia evolutiva di specie con alberi evoluzionari: metodi principali.
7. L'aplotipizzazione di individui: metodi combinatori basati sul modello coalescente e criterio di massima parisimonia.
   
8. Riarrangiamento genomico. La ricostruire dell'evoluzione genomica tramite lo studio di problemi combinatori di ordinamento. Ordinamento per inversione e trasposizione: algoritmi e complessità
9. Internet e il Progetto Genoma Umano. Le banche dati.

• D. Gusfield Algorithms on Strings, Trees and Sequences: Computer Science and Computational Biology. Cambridge Univ. Press. 1997
• Setubal Meidanis Introduction to Computational Molecular Biology  PWS Publishing Company, 1997
  
• M. Attimonelli, G. Pesole, E. Quagliarello, E.C. Saccone Principi di Bioinformatica Editore Gnocchi, 1997.
• Appunti distribuiti dal docente.

• The Genome Database
• Bioinformatics Group at Sandia Labs
• Theoretical Biology and Biophysics at Los Alamos National Labs
• Nature
• Science
• NIH

Celera Genomics